Każdy gracz, na początku tworzenia postaci, musi zdecydować do której z pięciu Wielkich Wiosek chce należeć. Do wyboru są oczywiście:
1. Konoha-gakure
2. Suna-gakure
3. Kumo-gakure
4. Kiri-gakure
5. Iwa-gakure
Pomiędzy wioskami panuje względny pokój, lecz nigdy nic nie wiadomo. Mieszkańcy wiosek oczywiście będą mogli podróżować do innych, ale podlegają Kage swojej wioski macierzystej i wypełniają jego/jej rozkazy. Zmiana wioski jest niemalże niemożliwa, dlatego dobrze się zastanów gdzie chcesz wylądować !
Wielka Arena znajduje się w Konocha-gakure i tam będą organizowane międzynarodowe turnieje. Poza tym każda wioska posiada swoje mniejsze areny do turniejów lokalnych. W każdej wiosce są podobne lokacje po to, aby każdy gracz rozwijał się tak samo niezależnie od wioski.
Występują też tutaj wioski pomniejsze:
1. Kusa-gakure
2. Taki-gakure
3. Ame-Gakure
4. Hoshi-gakure
Wstęp do nich jest niedozwolony, nie możesz zostać ninja z tych wiosek. Istnieją one po to, aby powiązać z nimi liczne zadania, misje oraz inne wydarzenia.